Además de la fracción nutritiva formada por los componentes anteriores, los alimentos contienen una fracción no nutritiva, mucho más numerosa, especialmente en los alimentos de origen vegetal, y que a su vez está constituida por dos partes:

- Componentes naturales de los alimentos (aromas, pigmentos, etc.), importantes en su relación con el entorno y que le proporcionan sus características sensoriales y organolépticas (color, olor, textura, sabor, aroma, etc.). Muchos de ellos pueden jugar un importante papel como factores de protección frente al estrés oxidativo y a la carcinogénesis (licopeno en tomates; alium en el ajo y la cebolla; luteína en vegetales de hoja verde; limoneno en los cítricos; resveratrol en las uvas, etc.). Las plantas sintetizan una plétora de compuestos, muchos de los cuales son fisiológicamente activos cuando se consumen (antioxidantes y cancerígenos). Por ejemplo, se estima que el tomate contiene cientos de compuestos fitoquímicos distintos.

Alimento	Fitoquímicos
Frutas, verduras y hortalizas muy pigmentadas (zanahorias, tomates, espinacas, brécol,..)	ß-caroteno, Licopeno, Luteína
Cítrico	Limoneno, Compuestos fenólicos
Ajo, cebolla, puerros	Compuestos aliáceos: Diallil sulfuro, Allil-metil trisulfuro
Brécol, repollo, coliflor, coles de Bruselas	Ditioltiones, Isotiocianatos, Sulfurofano, Indoles (Indol-3-carbinol)
Uvas, vino	Polifenoles
Soja	Inhibidores de la proteasa, Fitosteroles, Isoflavonas, Saponinas
Frutas, avena, soja	Ácido cafeico, Ácido ferúlico
Cereales	Ácido fítico
Trigo, avena, soja	Fitosterina
Frutas, verduras, hortalizas, té, orégano	Flavonoides (incluyendo quercetina)

- Componentes no naturales: aditivos y contaminantes.

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